基督教長老教會隨著臺灣的開港而進入臺灣宣教，其一有1865年（同治四年）以臺南、高雄為中心的英國長老教會。
1885年（光緒十一年）英國長老教會宣教師在臺南設「長老教中學校」，作神學校學生之預備學校。1905年（明治三十八年）依總督府發佈的「私立學校規則」提出申請，1906年（明治三十九年）受政府認可，官方命名「私立長老教會高等學校」。1916年（大正五年）新校舍落成，於1917年（大正六年）再建講堂，1921年（大正十年）建校長宿舍。其藉學校教育來宣教，卻因未獲得一般中學的資格，使高年級學生多轉學到日本的中學。
1933年（昭和八年）因神社參拜事件，學校轉由日人為校長，1934年（昭和九年）因總督府要求師生需參拜神社，才可獲中學制度「認定」，萬榮華校長改革人事，主由日本基督教會推薦擔任。即使先前風波，導致教會內看法分歧，提倡全人教育，被稱為萬能校長的萬榮華與長老教中學校後援會之推動核心人物，會長林茂生，兩人的貢獻依舊不能忽視。1939年（昭和十四年）6月21日學校獲正式立案，改名為「私立長榮中學」，當時宗教特色全被消除。
至1949年（民國三十八年）奉教育廳令，「私立長榮中學」改稱「臺灣省臺南市私立長榮中學」，依趙天慈校長所言「長榮」，典出史記「子孫長榮」，正合子孫眾多（即桃李滿天下），校運長久繁榮。
古蹟本體之講堂建物的使用上，則因1932年（昭和七年）不敷容納學生數，興建新的大禮堂，原講堂被改為教師辦公室，至戴明福校長時期，為了讓宗教教育能與學生更加緊密連結，特別獨立設置宗教部。
蘇進安校長時期，於1973年（民國六十二年）將「宗教部」易名為「校牧室」，1974年（民國六十三年）則作校史館，1990年（民國七十九年）改音樂館，可見有其牌匾。但原講堂二樓仍保留禮拜的功能，集合場與講臺共同內包覆於矩形大空間。一樓則作生命教育教室使用。
原1921年（大正十年）建之校長宿舍於1985年（民國七十四年）亦曾作校牧室，而學校生命教育的推動，使2013年（民國一百零二年）生命教育工作由「諮商中心」獨立出來，設立「生命教育中心」並與「校牧室」結合，改制為「校牧室暨生命教育中心」迄今。
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更新日期：9/26/2025 11:48:13 PM